2000年，科幻世界以“飞”为名推出了《科幻世界少年版》，本是面向青少年的科幻类杂志。2002年1月，改为幻想文学杂志。
2003年12月，《科幻世界画刊增刊》（一名奇幻世界）发行，首印发行29,000册。次年1月，改为《科幻世界·奇幻版》，2月正式出版，并定为于双数月下半月出版。《科幻世界·奇幻版》共出版6期。
2005年1月，正式更名为《飞·奇幻世界》，开始拥有独立的刊号，并改为月刊。杂志的版式设计基本沿用2004年12月版《科幻世界·奇幻版》的设置，分为“九州”、“特别推荐”、“中篇佳作”、“短篇精品”、“长篇连载”和“回音谷”。
同年3月，第四期出版，新栏目“化神地图”登台，页脚开始刊登读者来信。月末至4月1日，大部分原编辑部人员集体辞职，并带走了作者资料、稿件与联系方式，电脑硬盘相关内容被删除。社长秦莉等人迅速组建起新的编辑部，4月，第五期杂志顺利下厂印刷并出版，本期封底出现“灵性奇幻，中国制造”字样，并沿用至今。
7月，曾经作为重要栏目的“九州”部分的策划人独立出《飞·奇幻世界》。10月，出现新栏目“本期责编”。
年底，超长篇奇幻作品《天行健》开始在《飞·奇幻世界》连载。
2006年第一期出现新栏目“特别策划”、“幻视界”，第二期出现“中国盒子”，第五期，“中国盒子”停办，“回音谷”改为“奇幻客栈”，第六期新增“奇趣宫”，第七期出现“幻野星踪”，介绍各位奇幻作家。
同年7月31日至8月4日，《飞·奇幻世界》编辑部于成都举办了第二届奇幻文学笔会。11月初，出版第一部增刊。
2013年5月21日科幻世界官网幻想在线发布《飞·奇幻世界》停刊公告。《飞·奇幻世界》出至2013年第6期，之后停刊。总计出版117期（含增刊）。
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